تم تأسيس الشركة السعودية لشراكات المياه بموجب قرار المجلس الاقتصادي الأعلى رقم (٢٣/٥) وتاريخ ١٤٢٣/٣/٢٣هـ، كشركة ذات مسؤولية محدودة في عام ٢٠٠٣م، بنسبة مساهمة تبلغ ٥٠٪ لكل من المؤسسة العامة لتحلية المياه المالحة والشركة السعودية للكهرباء. تم إنشاء الشركة لشراء الماء والكهرباء من المشاريع الخاصة وبيع المياه للمؤسسة العامة لتحلية المياه المالحة والشركة الوطنية للمياه، وبيع الكهرباء للشركة السعودية للكهرباء. وفي تاريخ ١٤٣٨/٨/٥هـ، صدر قرار مجلس الوزراء رقم (٤٩٤)، بتوسع نطاق عمل الشركة بصفتها مشترياً رئيساً للمياه، ليشمل شراء المياه المحلاة والمنقاة والمعالجة وغير المعالجة بالإضافة إلى الإنتاج المزدوج، وقيام وزارة المالية بتقديم الدعم الائتماني اللازم للشركة لتمكينها من توقيع عقود الشراء طويلة المدى بموجب الأسس الواردة في قرار مجلس الوزراء رقم (١٨١) وتاريخ ١٤٢٥/٦/٩هـ، ووفق الأحكام والشروط التي يحددها معالي وزير المالية، حيث تم نقل ملكية الشركة بالكامل إلى وزارة المالية